歴代受賞者（推薦機関として指定されている賞・助成）
科学技術分野の文部科学大臣表彰
（平成21年度から推薦開始）
令和4年度（2022年度）
科学技術賞
大戸 茂弘 （九州大学大学院薬学研究院・主幹教授）
「分子時計を基軸にした時間創薬育薬研究」
令和3年度（2021年度）
若手科学者賞
市村 敦彦 （京大院薬・助教）
「膜タンパク質の生理機能解析と新規創薬標的分子の探索研究」
平成31年度（2019年度）
若手科学者賞
林 久允 （東大院薬・助教）
「小児肝臓難病の克服に資する化合物の発見とその実用化研究」
平成30年度（2018年度）
科学技術賞
川端 猛夫（京大化研・教授）
「不斉記憶型不斉誘導原理の研究」
若手科学者賞
小松 徹（東大院薬・特任助教）
「酵素の動的機能の理解による疾患関連タンパク質の探索研究」
下川 淳（京大院理・准教授）
「多能性中間体が拓く網羅的天然物合成研究」
相馬 洋平（東大院薬・グループリーダー（講師相当））
「アミロイドタンパク質に対する革新的凝集阻害戦略の開発研究」
宮地 孝明（岡山大自然生命科学研究支援セ・准教授）
「創薬を指向した真核生物トランスポーターの構造と機能の研究」
平成29年度（2017年度）
若手科学者賞
浅井 禎吾（東大院総合文化・准教授）
「未利用生合成遺伝子を活用する天然物多様性拡大に関する研究」
大戸 梅治（東大院薬・准教授）
「自然免疫系Toll様受容体に関する構造生物学研究」
小坂田 文隆（名大院創薬・准教授）
「視覚再生を目指した幹細胞制御と神経回路解析の研究」
平成28年度（2016年度）
科学技術賞（研究部門）
早川 和一（金沢大環日セ・特任教授）
「有害化学物資の環境動態と健康影響に関する研究」
若手科学者賞
小山 隆太（東大院薬・准教授）
「てんかん発症における異常神経回路の形成メカニズムの研究」
髙田 龍平（東大院薬・講師/第一部長）
「生活習慣病関連物質の輸送体蛋白質による体内動態制御の研究」
平成26年度（2014年度）
科学技術賞
森山 芳則（岡山大院医歯薬・教授）、表 弘志（岡山大院医歯薬・准教授）
「医学薬学的に重要なトランスポーターの発見と解析技術の研究」
平成25年度（2013年度）
若手科学者賞
熊谷 直哉（微化学研・主席研究員）
「新規不斉触媒反応の開発と医薬合成への応用に関する研究」
平成24年度（2012年度）
若手科学者賞
水上 進（阪大院工・准教授）
「機能性分子設計に基づくバイオイメージング基盤の研究」
平成23年度(2011年度)
科学技術賞（研究部門）
花岡 文雄（学習院大理・教授）
「ゲノム情報保持の分子機構とそれによる癌化老化抑制の研究」
若手科学者賞
花岡 健二郎（東大院薬・講師）
「MRI蛍光を用いた生体内可視化プローブの開発の研究」
平成22年度(2010年度)
科学技術賞（研究部門）
山口 明人（阪大産研・教授（所長））
「異物排出タンパク構造・機能・制御と生理的役割に関する研究」
平成21年度(2009年度)
科学技術賞（科学技術振興部門）
奥野 恭史（京大院薬・教授）
「創薬を加速化する医薬候補化合物の革新的探索計算技術の振興」
若手科学者賞
加藤 大（東大院薬・特任准教授）
「高性能分離分析法の開発とナノ物質への応用についての研究」
佐藤 洵子（東京医科歯科大難治疾患研・准教授）
「心筋イオンチャネル機能調節と不整脈の研究」