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基本骨格に含まれる窒素が[[アミノ酸]]由来である生合成経路は[[アミノ酸経路]]とよばれ多くの[[アルカロイド]]がこれに当てはまる。生合成の出発物質は、オルニチン、リシン、チロシン、トリプトファンなど限られた[[アミノ酸]]であり、脂肪族[[アミノ酸]]であるオルニチンからトロパン骨格が構築され、副交感神経遮断作用を持つヒヨス[[チアミン]]やスコポラミン、[[麻薬]]である[[コカイン]]などのトロパン[[アルカロイド]]が生成される。また、リシンを出発として駆虫薬のイソペレチエリンやマメ科クララに含まれているスパルテインやマトリンが生成される。一方、芳香族[[アミノ酸]]であるチロシンからはモルヒネなどのアヘン[[アルカロイド]]が、また、トリプトファンからはエルゴタミン、エルゴメトリンのような[[バッカクアルカロイド]]や、変形[[モノテルペン]]であるセコロガニンとの縮合により[[降圧薬]]、鎮静薬のレセルピンや、[[抗不整脈薬]]のアジマリンなどが生成される。(2006.10.17 掲載）